公告指出，截至2011年10月底，审计查出的违反财经制度规定问题，有55.31亿元已经整改到位，其余问题正在整改落实；还有26个部门及部分所属单位结合整改工作，制定和修订了69项内部规章制度，涉及财务预算、资金资产管理和内部监督等多个方面。
 

    公告称，关于项目支出预算编制不够完整和具体、一些部门本级预算未完全执行到位问题。对11个部门本级106.76亿元项目支出预算未细化到具体单位和项目、5个部门本级自行调整2.74亿元项目支出预算问题，相关部门采取措施，加强了预算编报基础工作和预算管理，进一步严格了预算审批程序。对32个部门本级以拨作支、虚列支出、在项目或预算科目之间调剂使用资金5.81亿元问题，各有关部门本级通过调整账目和决算报表、归还原资金渠道等方式整改5.25亿元。对未按规定征缴非税收入等4.51亿元问题，17个部门本级通过停止违规收费等方式整改4.11亿元。其余问题正在整改。
 

    公告指出关于部分部门所属单位违反财经制度问题：
 

    1.预算执行不够严格和规范问题。对未经批准扩大开支范围等10.26亿元问题，187个所属单位通过调整账目和决算报表、归还原资金渠道等方式整改7.18亿元；对虚列支出、以拨作支等1.51亿元问题，27个所属单位通过调整账目和决算报表、归还原资金渠道等方式整改1.43亿元；对多申领财政资金0.3亿元问题，13个所属单位通过调整账目和决算报表、归还原资金渠道、加强预算编报管理等方式，全部整改完毕。
 

    2.私存私放资金设立4.14亿元“小金库”问题。73个所属单位通过调整账目和决算报表、收回私存私放资金余额等方式，整改3.75亿元。
 

    3.收入和资产管理存在一些薄弱环节问题。对未按规定征缴非税收入和违规收费6.77亿元问题，79个所属单位通过停止违规收费、调整账目和决算报表等方式整改5.72亿元；对违规出租出借资产、委托理财以及资产入账不及时等18.75亿元问题，46个所属单位通过收回违规出租出借资产和委托理财资金、调整账目和决算报表等方式，整改17.26亿元；对未严格执行政府采购规定及采购程序不规范7.57亿元问题，39个所属单位采取了规范政府采购行为、严格执行政府采购管理有关规定、加强政府采购工作领导和监督等措施，全部整改完毕。
 

    公告称，关于部分科技经费使用和管理不够规范的问题。对重大科技专项存在的问题，财政部要求重大科技专项牵头单位进一步加强对项目承担单位用款计划的审核，保证按项目进度拨款，防止资金大量沉淀；严格要求牵头单位在申请财政部拨款时出具更为详实的特设账户专款余额和具体用款要求，并加大监管力度，确保专款专用。对国家科技支撑计划项目成果审核等方面的问题，科技部专门发文要求项目组织单位落实整改措施，并且正在研究完善包括科技支撑计划在内的科技计划管理模式。
 

    公告指出，关于一些部门决算草案编报不够准确的问题。对决算草案中收入、支出、结余和资产编报不够准确等22.44亿元问题，36个部门已调整账目和报表20.58亿元，整改率为91.71%。