1890年11月，李鸿章得到旅顺口港第二期工程完工的消息后，立即派遣北洋水师提督丁汝昌、直隶按察使周馥、津海关道刘汝翼等人会同前往验收。

 

　　丁汝昌等一行于11月5日抵达旅顺后，由监工洋员吉礼丰开具法文工程清单，经刘含芳译成华文后，逐项进行查验。其中世人瞩目的船坞，长137.5米，宽41米尺，深12.6米，坞口以铁船横拦为门，整个船坞均用山东大块方石，用水泥砌成。

 

　　当月9日验收完毕。至此，我国近代历史上的第一件巨大工程告成。北洋水师因为舰艇有所归宿、可以停泊修理而大为欢欣鼓舞。李鸿章也以10年苦心经营、从此可免“有鸟无笼”之讥而深感快慰。他告诉人们道：“……嗣后北洋水师战舰遇有损坏，均可就近入坞修理，无庸借助日本、香港诸石坞，间为缓急可待，并无须糜费巨资……从此量力筹划，逐渐扩充，将见北洋水师规模，足以雄视一切，渤海门户，深固不摇，其裨益海防大局诚非浅鲜。”

 

　　进入旅顺口大坞修理的第一艘舰，是福州船政局马尾船厂制造的我国第一艘铁壳军舰“平远”号。随后，北洋水师的7300多吨级的“定远”、“镇远”及大小船舰都入该大坞进行舰体的刮锈、油漆、修理更换各种机器部件等养护工作。

 

　　当年，李鸿章在接到关于旅顺口军港工程完工验收的报告后，立即向慈禧太后上奏折，并附一幅“旅顺口澳港”的刺绣全图。但是，如此振奋人心的“大喜事”，慈禧却仅用朱笔批示“知道了”3个字。这是为什么呢?后来，有人分析认为，这可能是因为慈禧曾经挪用大笔旅顺口军港建设经费来修缮自己的小花园而心虚的表现。话说当年中法战争结束后，慈禧发布懿旨勘修“三海”(即她颐养之地的南海、中海、北海)。工程于1886年正月初八正式开工，至1888年主要工程相继基本告竣。为了讨慈禧高兴，奕譞和李鸿章挪用旅顺口军港建设经费30万两，补充了“三海”工程。除此之外，奕譞和李鸿章还从1889年起，每年从海军经费中挪用30万两白银，“支援”老佛爷的修缮颐和园工程。据有关人士统计，奕譞和李鸿章为慈禧的“三海”和颐和园工程而挪用的资金，加起来达上百万两，几乎接近旅顺口军港工程费用的一半。

 

　　那么旅顺口军港工程的全部费用是多少呢?依据有关资料计算，陆尔发任内用银2.5万两;黄瑞兰任内用银大约7.5万两;袁保龄任内用银65万两;法国人包办期间用银139万两。共计214万两。另据《清史稿》记载，旅顺口军港工程共用银200多万两。这与有关资料基本相一致。当然，这个数字并不包括北洋水师在旅顺口设防中使用的大炮和机械等物所用银约100万两。还有一个已考证清楚的史实是：当年原计划是要建两个坞的，即除了旅顺口大坞之外，还打算在黄金山下开挖进去建第二坞，因慈禧的工程挪用了“经费”，使得第二坞的资金没有了着落，故世上流传有“昆明湖换船坞”和“昆明湖换军港”之说。