1917年1月4日，蔡元培就任北京大学校长，着手改革北京大学。赴任前，蔡元培的众多友人认为北大校方腐败，如赴任有碍名望。孙中山认为，“北方当有革命思想的传播，像蔡元培这样的老同志，应当去那历代帝王和官僚气氛笼罩下的北京，主持全国教育。”蔡元培慨然领命。

    蔡元培任校长后，改革北大领导体制和学科、学制设置，创办科研机构，倡导平民教育，首行男女同校。他采取“兼容并包”的方针，大量引进新人物，不拘一格招聘众家。北京大学很快即开学术研究、思想自由之风气。蔡元培还支持日益兴盛的新文化运动，提倡白话文，赞成文学革命，反对封建复古主义，倡导以科学和民主为内容的新思潮。他的努力终使北大成为“五四”时期新文化运动的中心。