为世人所敬奉的福泽之“自由平等”诸观念，在其身上亦体现出相当的矛盾和言行分离倾向。“我们做人的道理，就在于不妨害他人的权利，自由自在地运用自己的身体。至于行其所好，忍其所欲，或者劳动，或者嘻游：或为此事，或为彼业，或则昏夜用功，或则懒散无为，终日蜷伏安寝，因与他人不发生关系，也就没有从旁议论其是非的理由”。“凡名为人，无论贫富强弱，又无论人民或政府，在权利上都是没有差别的。兹再推广此意来讨论国与国的关系：国家是由人民组成的，日本国是日本人组成的，英国是英国人组成的。既然日本人和英国人同样是天地间的人，彼此就没有妨害权利的道理。一个人既没有加害于另一个人的道理；两个人也没有加害于另两个人的道理；百万人、千万人也应该这样。事物的道理原不能由人数多少来变更的”。。福泽的“自由平等”观念之论述确乎广博而不失深邃。然而，察其真实心迹，究其现实行径，前后矛盾有如此悬殊者，却也并不多见。福泽“不从旁议论他人”的“自由”主张和对邻邦友国中国、朝鲜乃至整个亚洲的口诛笔伐之行为、“不妨害他国”的“平等”观念与“干涉朝鲜内政”、“对中国动武”的战争呼声之间，反差不可谓小。

福泽的大量言说与日本对外扩张侵略殖民心态相符，旨趣暗合，诸多方面有着惊人的一致。因此，任何企图为福泽遮隐和开脱民族主义思想的观点和看法，意义自然不免有限。丸山真男曾为福泽辩解道：“面对现实国际政治，他（指福泽谕吉）的思考本措置于如何对抗欧洲帝国主义的东洋共同防卫上。可福泽对于被儒教主义浸入骨髓的朝鲜和清国现状的焦躁和绝望，又反射性地强化和确证了他的信念，即作为东洋近代化之推动力的日本的使命感。从这一点出发，他的对外主张便在现实上与日本帝国的大陆进出冲动形成了步调一致的后果”。如丸山这般为福泽开脱的辩解之词，不仅曲解了福泽的思想旨意，而且也扭曲了作为思想家的福泽的真实形象。丸山在论述中也是转义隐喻多于事实考论，而且在逻辑上也企图以动机目的论来消解行为事实结果带来的负面影响。如此辩白，其实并不可取。

近来，日本学者安川寿之辅指出：“福泽是近代亚洲侵略思想和亚洲蔑视观形成的最大贡献者。此事实使亚洲太平洋战争中的近代日本发展历程的‘反省与界限’不能仅仅上溯到日清战争，而应该更进一步追溯到福泽的幕末初期启蒙期。这一事实也积极地启示了重新审视明治维新以来日本近代化的总体道路的必要性”。大概，只有对福泽谕吉的极端民族主义思想给予正本清源式的剖析和还原，才能认识近代日本走上穷兵黩武扩张道路背后的思想根源，才能理解“大东亚共荣圈”理论的荒诞不经甚至对战争责任的暧昧态度背后的民族文化心理，也才能给今日隐现于日本之右倾化思潮以历史的了解。