考虑到当地穆斯林教育需求的实际，这年10月马汝邻又呈请教育部，要求同意伊师增设附小。11月国民政府教育部回函批复，同意先设两个班，并拨发校舍修建费一万五千元和11、12月经常费各一千元。为了筹办好伊师附小，马汝邻特别邀请毕业于复旦大学、当时在陕西工作的妹妹马汝酂、妹夫孙颖慧到平凉。由马汝酂担任附小校长，具体负责附小筹备事宜，同时充实师资。

　　当时在伊师工作的还有孙崇甫（地下党员）、王国靖（地下党员）、郝大荣、马绍武、赵钟熏、侯出栋（北师大毕业），赵德伍（辅大毕业）、夏绍禹、安庆澜（云南大学毕业）、洪云婵、……有不少是直、鲁、豫流亡到西北有教学经验的老教师。附小校长自马汝酂以后，也有吴颜声、马毅夫、 安庆澜等，他们都是大专以上学历，还有一些教师是从伊师毕业生中择优而留的。由于伊师在马汝邻担任校长期间非常注意教师队伍建设，重视师资水平提高，很快成为西北名校，不久又改为国立学校，待遇高于其他地方学校，办学条件和环境得到了根本的改善。 1947年，马汝邻因为掩护中共地下党员，保护进步师生，被当局免去校长职务，遭到迫害而逃避到到兰州，执教于西北中学，并担任西北中学的校长。

　　新中国成立后，由于在倡办民族教育方面的突出贡献，马汝邻先后被推选为全国教育工会常务理事、甘肃省教育工会主席、甘肃省民委委员、甘肃省政协常委等重要职务，他仍然矢志不移地关注并直接从事着西北地区的民族教育。1950年，他在参加全国第一次民族教育工作会议期间，应《光明日报》之约撰写了《关于民族教育的一些意见》，在文章中说：“甘肃少数民族人口占全省人口的六分之一，可是大学生才占大学生总数的三十三分之一，中学生四分之一，小学生十一点五分之一。那就是说把目前的甘肃少数民族小学生增加一倍，中学生增加七倍，大学生增加五倍，在比例上也还是落后于汉族。当然这样不管客观需要的大小而作机械比较是不妥当的，因为即使我们主观要把少数民族教育提高到汉族一样的水平，在群众生活没有大的好转，文化教育的要求也达不到那样高，学生来源是会成问题的。”他的这些精辟的分析和见解，对照今天西北各民族适龄儿童失学的现状，仍然是那样深刻。1953年冬，西北军政委员会教育局要他主持考察甘陕四所中学，考察结果于1954年4月16日由西北局机关报《群众日报》报导，题目是《把中学教育工作提高一步》，为改变西北教育落后局面提供了翔实的参考资料。马汝邻还把这次调查的结果融进西北中学的办学思路，使得这所在40年代后期一度面临解体的学校后来一跃成为省、市重点民族中学，并以较高的教学质量和办学特色赢得了国内外人士的认可。

　　1981年隆冬，筹建甘肃省伊斯兰教经学院的工作紧张展开。组织上希望马汝邻能出面到北京申请建院的经费。他抱病在身，不顾家人的强烈反对，以公事为重，毅然成行，终于落实了建院款项。他对家人说：应该把经学院的工作看作是培养新一代走社会主义道路宗教职业者的大事，因为将来通过他们传教，必然会影响千百万人的思想和意识，这是维系着国家民族团结和长治久安的一项重要措施。所以他无论走到哪，对哪个门宦或教派，不管是年长的阿訇，还是年轻的“海里发”,都是以交友的方式来开展工作，所以宗教职业者和信教群众都乐于和他交心攀谈。他还以《古兰经》教义和许多穆斯林学者为例，启发许多信教群众自觉纠正学了文化便会放弃宗教信仰的错误认识，使许多阿訇都成了助学、办学的积极分子。

　　从1982年起，马汝邻由于工作的关系和别人对他长期从事西北民族教育的无私奉献的敬重，经常接待向他请教的人，其中有美国着名学者李普曼博士、拉德基博士和朱磊博士等，还有加拿大、巴基斯坦等国驻华官员，以及来自埃及、巴基斯坦、苏丹、沙特等国的高级官员及宗教界人士，就他们关心的种种问题作了较为满意的答复，并向外国友人介绍了我国自改革开放以来，正常的宗教活动受到国家和宪法的保护的基本情况。1985年7月，他还代表中国伊斯兰教协会，参加了在阿尔及利亚举行的第十九次世界伊斯兰思想研讨会，与外国学者就伊斯兰文化和外来文化的影响进行了研讨和切磋。

　　从1980年到1988年，马汝邻以年届八旬的高龄，每年都以省政协常委的身份下乡检查工作，都要去所在地的民族学校调查研究。临夏、张家川、平凉、定西等地的回民聚居区和散杂居区的民族学校都留下了他的足迹，撰写的《回族教育历史的回顾与前瞻》[24].在这篇文章中，他以亲身经历，回顾了历史上回民的两种教育制度后，主要就“回民所面临的新问题”提出解决的具体意见，被很多高校教育和民族教育专业指定研究生的必读文章。

　　马汝邻对兰州怀有深厚的感情。范长江任新闻总署副署长时，拟调他去新华社工作，他没有离开兰州，李东光任北京市委统战部部长时，曾请他回北大任教，他还是没有离开兰州。他还开导子女留在兰州工作。说：“西北的建设更缺乏专业人才”.在他的感召下，马氏家族除了他的妹妹马汝酂为了筹办穆斯林学校积劳成疾英年早逝外，还有多人至今仍然在西北各级各类学校任教，为推进西北穆斯林地区教育的发展和穆斯林族群素质的提高，作出了长期和不懈的努力。