广州的局势在继续恶化，6月2日，北洋总统徐世昌在全国巨大的压力下宣布辞职。由于孙中山曾一再发表政治宣言，承诺只要徐世昌下台，他亦将同时下野，因此，舆论界一片轰动。6月3日，蔡元培、胡适、高一涵等数百位各界名流联名致电孙中山和广州非常国会，呼吁孙中山实践与徐世昌同时下野的宣言。

同日，叶举宣布广州戒严，大街通衢，遍布岗哨。6月12日，孙中山邀请广州报界出席茶会，决心通过报纸，向陈炯明摊牌。孙中山不仅将他与陈炯明的矛盾公之于众，而且还语气颇为严厉地说：“现在我得向你们全体提出请求：请你们在10天内，以同一口径对他们发出警告。告诫其撤到距离广州30里以外地区。若他们置之不理，时间一到，别说我孙大炮扯大炮，我将用3寸直径的大炮发射有毒炮弹轰击他们。我会提前9小时发出通知让市民躲避，接着的3小时内，达姆弹将落到他们头上。那样的话，他们60余营的兵力会全部完蛋。”

6月13日陈炯明从报纸上看到孙中山的警告，急忙给叶举写了一封亲笔信，并派秘书陈猛荪亲自送往广州。自孙中山的警告发出之后，双方的火药味越来越浓。6月15日深夜，粤军高级将领在广州郑仙祠召开紧急会议，决定发动军事政变，用武力驱逐孙中山下台。就在这危急关头，陈炯明在惠州派出的秘书陈猛荪把亲笔信送到叶举手上。陈炯明在信中劝止叶举别意气用事，要将粤军在限期内撤出广州，并说孙中山出兵北伐如果能胜固好，如其失败，我以陆军部长身份暂将部队调返东江训练，做充分准备，到时仍可收拾残局，守住南方根据地，继续支持先生革命。叶举阅后，无名火起，当着陈猛荪的面将信掷落地上，他说：“陈炯明真是秀才造反十年不成，根本不懂军事。人家都把刀架在了他的脖子上了，他还想着接应孙中山北伐。”他气愤地质问陈猛荪：“回东江我们去哪里找吃的？你回去告诉陈总司令，我们已准备通电南方政府，本以护法而起，黎元洪6月11日由津入京复任大总统，故要求孙中山下野，如孙不下野事情已不容不发……”陈猛荪立报陈炯明，陈炯明听后怒不可遏，抓起桌上的茶盅狠狠地摔在了地上，“砰”的一声，茶盅的碎片散了一地。陈炯明看到落地开花的茶盅，颓然地瘫坐在太师椅上，双手按住大阳穴不住地揉搓。

6月15日晚上，白云山下的叶举司令部外警备森严，粤军旅以上的军官急匆匆地赶到这里集中，叶举正在此召集一个秘密的军事会议，商量用武力驱逐孙中山下野的计划。会上洪兆麟、杨坤如极力主张立即冲进总统府活捉孙中山，熊略等则主张先炮击总统府，将孙中山赶出广州。叶举本来赞同第一种意见，想干脆来个一不做二不休，活捉孙中山，但想到陈炯明那信中的劝止又不觉犹豫起来。最后决定采用炮击方案，并确定熊略为行动指挥官。熊略受命后，还是感觉把孙中山赶出广东为最最上策，遂派亲信到总统府向孙中山秘书林直勉暗中通报，让他赶快逃跑，以免炮火误伤。

其实早在当晚10点，总统府已接到一军官电话：“今夜粤军或有不轨行动，将不利于总统，务请总统离府。”但孙中山认为是谣言，不肯信。当林直勉12点又得到类似消息时，孙中山仍不肯相信。他说，当年陈炳焜、莫荣新在广州如此作恶多端，尚不敢公开叛乱，何况陈炯明、叶举等人跟随自己多年，粤军第一军是自己一手培植起来的，不会敢于公然发难。林直勉看孙中山如此固执和自信，一时不知如何是好，他非常清楚，观音山总统府只有50多名卫士，所有的武器，就是34支手提机关枪、一万多发子弹。队长姚观顺直接负责保卫孙中山与宋庆龄所住的越秀楼，万一孙中山有何闪失，他将如何向国人交代。

 

16日凌晨1点钟，已经能听见总统府外的部队的集结声和嘈杂声音了，林直勉等三人再来劝孙中山离开，可是孙中山仍说：“陈炯明胆敢作乱，我便要负平乱之责，如力不如，唯有一死，以谢我四万万同胞。”已是凌晨三点，林直勉仍无法劝说孙中山离开总统府，见情势越来越危急，林直勉只好强挽着孙中山离开了总统府。林直勉在离开总统府之前叮嘱马湘，要调集总统卫队及武装力量，保卫总统府和宋庆龄的安全，尽可能把一些机要文件转移出来。马湘自知情况紧急，催促林直勉赶快掩护孙中山离开，他即把电话打给了马亮。马亮和刘阳一班人十万火急地赶到了观音山，与马湘的卫士们一起作好战斗的准备。

孙中山从总统府右侧的粤秀街走出，他身穿白夏布长衫，戴墨晶眼镜，很像个医生。在街上碰到叛军，林直勉说：“我的父亲患了重病，所以不得不深夜请医生到家里诊治。”泰然自若的孙中山并没有引起叛军怀疑。一路上，他们又数次与叛军遭遇，但是孙中山的态度一直很从容。他们沿着长堤一直走到海珠公园附近，公园是江中心一个不满1000平方米的小岛，当时海军的总司令部就设立在这里。

孙中山一行雇了小船渡河前往海珠军部。行至河中时，有哨兵喝止，喊口令，而他们又答不上来。紧急之下，林直勉大声喊：“我是总司令的朋友，来自总统府，有要事报告。”海军总司令温树德亲自出来，林直勉说：“大总统在此。”这才得以登岸。

在孙中山顺利撤出之后，总统府外，叶举命令熊略指挥第二师4000多粤军围攻总统府。熊略组织了多次冲锋均被总统府卫队击退。伍仁带着一营兵力，冲在最前面。马亮、刘阳的手提机枪不停地扫射，最终无法抵挡伍仁的猛烈冲锋。下午4时，总统府终被占领，财物被抢劫一空，大批文件被烧毁。马亮和刘阳看着总统府燃起的熊熊火光，心中一阵紧缩。边打边往越秀楼靠拢，以接应马湘他们。

伍仁知道越秀楼是孙中山的居所，指挥士兵拼命冲锋，却被马亮、刘阳的机枪挡了回来。情急之中，伍仁分出两路人马，一路由前门佯攻，另一路从后门冲进去。马亮和刘阳见状，大吃一惊，赶忙抄起手提机枪，从前门打开一条血路，掩护马湘和黄惠龙护着宋庆龄从前门逃出来，就当埋伏在附近的粤军冲过来的时候，马湘急中生智，把自己手中的50多枚银元撒在地上，趁叛军抢钱之时，匆忙躲进了对面小巷的一家开着门的民宅中。伍仁见到那些蜂拥而上的抢钱士兵，开枪搁倒了几个。大声骂道：“见钱眼开的，我毙了他，快冲进去，抓孙大炮，重重有赏。”

其实此时的孙中山已转移到“永丰”舰上，外交总长伍廷芳慌忙前来谒见。孙中山嘱伍廷芳尽快把广州叛乱的情形设法转告北伐诸军，想法通知胡汉民、许崇智速回师广州，平息叛乱，同时将陈炯明等叛乱内情转告外国驻穗使节，以争取国际上的声援。