列强坚持治外法权的理由是，中国法律与国际不接轨，野蛮而落后，同时又许诺一旦清王朝对司法进行了改革，他们愿意接受中国的司法管辖，如同他们对待日本一样。尽管有证据显示，列强热衷治外法权并非只有他们所称的这一个原因，但必须承认，建立在旧的宗法社会基础之上的中国法律的确有野蛮和落后的地方，列强以此为说辞只能让清政府哑口无言。同时这也意味着，如果不能用武力赶走列强，和外人打交道无法避免，要想废除治外法权，就只有改革司法之一途。

光绪三十一年三月，也就是岑春煊怒斩两门丁之后不久，修订法律大臣沈家本、伍廷芳奏请永远删除凌迟、枭首、戮尸三项酷刑，死刑至斩决而止，清廷允其请；光绪三十二年，《刑事诉讼法》首先完成；光绪三十三年，《新刑律草案》告竣，同时议订商律及民律；宣统二年（1910年），资政院审议通过了《新刑律草案》，由清廷颁布施行。

在官制改革上，清王朝对“三法司”也进行了比较彻底的改造。光绪三十二年九月，改刑部为法部，大理寺为大理院，各省原主管司法的按察司为提法司，并定四级三审之制，于京外次第设立各级地方审判厅，仍附设检察厅，以搜查案证，监督审判。法部及提法司，只负责司法行政事务，决不能干涉或影响审判。如是一来，行政权与裁判权各有其职守，从而改变了中国法律文化传统里司法、行政混一的格局，司法独立的曙光初现。正如法律史学者所评价，“清末司法改革能有如此重大变更，具备现代立宪国家的基础，伍、沈有极大贡献。”

在老大中国取得这点成绩真是来之不易。宣统二年，在资政院审议《新刑律草案》时，仅仅一个“无夫和奸（即和没有丈夫的女子通奸）”不为罪的条款，新旧两派就要吵得沸反盈天，新的法律精神注入之难，于此可以概见矣。从传统的重礼教迈向现代的重法理，清季的中国尽管步履维艰，但在以沈家本为代表的志士仁人的推动下，还是小心翼翼地启程了。

回顾清末司法改革之历程，李贵连先生说：“二十世纪初期的中国法律改革，是中国法律史上亘古未有的变革。经过这次改革，现行法律，从体系体例到名词概念再到精神价值，都与传统法律断裂。西方化法律取代了传统法律。这十年法律改革的主持者。这是沈家本七十多年生命精华之所在。自改革之日起，他和他所主持的法律改革，就颇多争议。誉之者视他为‘法学泰斗’，融铸中西法律法学的巨人，毁之者斥之为‘抗命之臣’，自毁藩篱的罪魁。”但历史终究是公正的，从清末越往后，沈家本得到的评价就越高。

而和沈家本一起，修订法律的另一位重要角色伍廷芳，入民国后任司法总长，为了维护人权，捍卫法律的尊严，又续写了自己的光荣。当时，雄据上海、手握兵权、被孙中山称为“吾党唯一柱石”的沪军都督陈其美随意拘押平民，伍廷芳致函痛斥：“清之末造，立宪虽假，而司法成立所在，行政有司，未敢妄为侵越横恣如贵都督所为。……贵都督乃为满清行政官吏所不敢为之事，本部窃所未喻。……本部亦望贵都督勿施积极手段，坏民国之基础也。”时至今日，读这样的书信，仍令人神往其风采！